Trzeci sezon zaczyna się sześć miesięcy po końcówce poprzedniego. Gotham pełne jest potworów stworzonych przez Hugo Strange’a. Fish Mooney ze swoją zgrają potworków morduje i sieje zamęt, czego jednym z najważniejszych punktów jest przemienienie Ivy Pepper w starszą wersję samej siebie. Nasz główny protagonista, Jim Gordon, porzuca tymczasem pracę w policji, przywdziewa skórzaną kurtkę i zostaje łowcą głów. Z czasem ...