Sezon 3 serialu Gotham zapowiada się na zupełnie inne przedstawienie w porównaniu do poprzednich sezonów, głównie za sprawą działań Hugo Strange’a oraz The Court of Owls. podczas sezonu drugiego. Ta sekretna organizacja, która kontroluje dosłownie wszystko w Gotham, zleciła Strange’owi wykonywanie eksperymentów w celu zagłębienia tajników wskrzeszania ludzi.
Produktem ubocznym wyżej wspomnianych eksperymentów było stworzenie całej „serii” różnorakich potworów, które na koniec 3 sezonu uciekły z Indian Hill, w busie prowadzonym przez Fish Mooney.
„Charakter miasta Gotham ulegnie zmianie”, powiedział producent wykonawczy John Stephens dla TVLine odnośnie wydostania się na wolność tworów Strange’a. Zalicza się do nich również druga rola Davida Mazouza, który oprócz Bruce Wayne’a będzie również grał tajemniczą, długowłosą postać. Stephens powiedział na ten temat jedynie, że jest to „rozwój idący zgodnie z całą historią, którą do tej pory opowiedzieliśmy, lecz jeden jej fragment trzymaliśmy w ukryciu”. Może to wskazywać na to, że będzie to postać znana jako Thomas Wayne, Jr. i może mieć bezpośrednie powiązania z The Court of Owls.
Odnośnie nowych złoczyńców, bardzo zapowiadany Mad Hatter został potwierdzony dla następnego sezonu, co łączy się bezpośrednio ze sceną, podczas której Hugo czytał opowieść o Alicji podczas decydowania o przypisaniu osobowości do stworzonych przez siebie obiektów badań. Pojawi się również młoda kobieta „która używa swojej seksualności w celu usidlenia mężczyzn”, co niestety nie mówi nam zbyt dużo, ponieważ opis ten pasuje do większości znanych nam kobiecych przeciwników, więc ciężko określić kim może być ta postać.